阜阳市中医医院是国家三级综合中医医疗机构，医院始建于1957年，现编制床位650张，正式职工496人，专业技术人员472人，其中拥有中高级职称183人，硕士研究生45人，市级颍淮名中医4名，高层次后备人才5名，市级拔尖人才1名;医院科室设置齐全，拥有11个病区，医技科室13个，医院拥有1.5T核磁共振仪、DSA、DR、CT、C臂、彩超、全自动生化仪、麻醉呼吸机、层流净化手术室等国内外先进医疗设备。

医院承担着阜阳市及周边地区中医药医疗、教学、科研、急救、预防保健和康复等重要任务，设立针灸推拿科、心内科、肛肠科、康复医学科、脑病科、内分泌科、皮肤科、重症医学科、急诊科、120急救分站、体检中心、外科、骨科(包括中医)、妇产科(包括中医)、治未病科、麻醉科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、高压氧舱、放射科、磁共振、CT室、超声科、病理科、内窥镜室、心电图室、检验科等40余个临床医技科室。

其中康复科为安徽省级中医特色专科、阜阳市优先建设临床重点专科;针灸推拿科、治未病科、心脑血管科是省级重点专科;中医肝病、哮喘病是省级重点专病;肛肠科、中医骨伤科为市级中医重点专科;脑病科、内分泌科、中医妇科、推拿科为市级中医培育专科;针灸推拿科为市级中医名科，头痛病专科是市级重点学科，院内重点专科7个，充分反映中医特色的专病门诊30余个。国医大师石学敏院士工作室、国家级名老中医胡国俊传承工作室、赵吉平教授名老中医工作室各一个。

阜阳市中医医院是全国针灸临床研究中心分中心、国家中医类别执业医师资格实践技能考试基地、国家心力衰竭医联体成员单位、全国第82个手功能康复专业委员会会员单位和皖北片区首家手功能康复基地、安徽省心衰中心联盟建设单位、安徽省中医药大学教学实习医院、安徽省耳鼻喉头颈外科智慧联盟理事单位、安徽省首批异地医保联网定点医疗机构、阜阳市职业病体检定点医院、阜阳市首家工伤医疗康复定点医院、阜阳市肛肠治疗中心、阜阳市首批慢性病定点医疗机构、阜阳职业技术学院非直属附属医院、阜阳市胸痛中心联盟成员单位、阜阳市紧急救援中心急救分站，是北京中医药大学东直门医院、安徽省中医药大学第一附属医院等省属以上医院医联体合作单位。

阜阳市中医医院西湖新区总投资17.8亿，总占地面积121418平方米，新建医疗床位1490张的集医疗、康复、养老为一体的园林式、智能化、地标性中医医院正在崛起。